Мочекаменная болезнь — широко распространенное, часто рецидивирующее заболевание, что говорит о низкой эффективности существующих профилактических и терапевтических стратегий. Пересмотр существовавшей парадигмы о стерильности мочевыводящих путей, ставший возможным благодаря внедрению высокопроизводительных методов секвенирования, позволяет сформулировать концепцию уробиома как сложной экосистемы, участвующей в патогенезе мочекаменной болезни. Настоящий обзор систематизирует современные данные о роли микробиоты мочи и почечных конкрементов в патогенезе мочекаменной болезни. Проведенный анализ показал, что дисбиоз уробиома, характеризующийся снижением альфа-разнообразия и изменением соотношения основных таксонов, — патогенетический фактор литогенеза, а не его следствие. Исследования с применением метагеномики демонстрируют, что микробиом почечных камней представляет собой специфические бактериальные ассоциации, инкапсулированные в минеральную матрицу. Установлено, что различные бактериальные таксоны непосредственно влияют на камнеобразование за счет продукции ферментов, иницирующих формирование струвитных камней (уреаза), и оксалат-деградирующих ферментов, один из основных продуцентов которых — Oxalobacter formigenes. Важную роль в патогенезе играет формирование бактериальных биопленок, служащих матрицей для колонизации микробами и дальнейшей кристаллизации. Помимо этого, отмечена роль оси «кишечник–почки», в которой кишечный дисбиоз запускает системное воспаление, нарушение метаболизма литогенных соединений и повышение проницаемости кишечного барьера, что в совокупности создает предпосылки для литогенеза. Таким образом, на основании полученных данных формируется современное и углубленное понимание патогенеза мочекаменной болезни, в котором микробиоту рассматривают как активный фактор патогенеза. Интеграция данных о таксономическом и функциональном статусе уробиома открывает перспективы для разработки инновационных диагностических, прогностических и терапевтических стратегий, направленных на коррекцию дисбиоза с целью лечения и профилактики рецидивов мочекаменной болезни.