Патогенез нейродегенеративных болезней связан с протеинопатией и патологической агрегацией специфических белков: при болезни Альцгеймера β-амилоида и тау-белка, при болезни Парикинсона — α-синуклеина, при боковом амиотрофическом склерозе — TDP-43 и FUS. Этиологическими факторами могут служить вирусные инфекции, что обусловлено защитной функцией описанных белков в отношении специфических вирусов. Последние, в свою очередь, способны усиливать экспрессию ретроэлементов. Физиологическое старение также является одной из причин нейродегенеративных болезней, поскольку характеризуется активацией ретроэлементов и протеинопатией перечисленных противовирусных белков, которые в норме подавляют экспрессию ретроэлементов. Этиологическими факторами бокового амиотрофического склероза, болезни Альцгеймера и Паркинсона считаются ассоциированные с ними полиморфизмы в геноме, большинство из которых локализованы в интронных и межгенных областях, где расположены гены ретроэлементов. Таким образом, к этиологическим факторам нейродегенеративных заболеваний относятся генетическая предрасположенность способности ретроэлементов к гиперактивации, старение и вирусные инфекции, под влиянием которых в патогенезе развивается протеинопатия и агрегация β-амилоида, тау-белка, α-синуклеина, TDP-43 и FUS. В результате эти белки утрачивают способность ингибировать ретроэлементы, вызывая их гиперактивацию и воспалительный иммунный ответ на их транскрипты. В свою очередь, продукты экспрессии изменённых вследствие полиморфизма ретроэлементов усиливают продукцию противовирусных белков, их протеинопатию и агрегацию. Развивается способствующий прогрессированию патологии порочный круг, воздействие на который с помощью ингибиторов ретроэлементов и специфических микроРНК может стать основой для таргетной терапии нейродегенеративных заболеваний. Поскольку описанные процессы происходят без повреждений нуклеотидных последовательностей ДНК, это свидетельствует об эпигенетических механизмах данных заболеваний.