Цель исследования. Определение основных закономерностей нарушения обмена жирных кислот у новорожденных с сепсисом. Материалы и методы. Содержание жирных кислот в сыворотке крови анализировали с помощью метода тандемной масс-спектрометрии на аналитическом приборе Quattromicro MSMS (PerkinElmer, Финляндия). Критерии включения. Группа 1 — новорожденность, наличие инфекционно-воспалительного очага и дисфункция двух систем и более (сепсис), сопоставимая тактика антибактериальной терапии для новорожденных с сепсисом. Группа 2 — новорожденные с пневмонией, наличие инфекционно-воспалительного очага в легких и отсутствие дисфункции органов и систем, требующих проведения заместительной терапии. Группа 3 — здоровые новорожденные проходившие обследование в Перинатальном центре г. Уфы. Результаты. В группе 1 (сепсис) в сравнении с группой 2 (пневмония) статистически значимо были увеличены ЖК С4 и статистически значимо снижены С6, С8, С10, С14, С16, С18. При сравнении группы 1 (сепсис) с группой 3 (здоровые) статистически значимо были снижены ЖК с длинной цепью С16, С18 и повышены ЖК С14, С10, С8, С6, С4. Сравнение групп 2 и 3 показало увеличение содержания ЖК С2, С3, С6, С8, С14 и снижение С18. Содержание ненасыщенных жирных кислот в группе 1 при сравнении с группой 2 статистически значимо были повышены и С5:1, С8:1, С 14:1, С14:2, С16:1, С18:1. Аналогичная картина наблюдалась при сравнении 1-й группы и 3-й. Статистически значимо в 1-й группе были повышены С5:1, С8:1, С10:1, С14:1, С14:2, С16:1, С18:1, С18:2. У детей с сепсисом отмечается повышение содержания ненасыщенных жирных кислот в крови по сравнению с детьми с пневмонией (группа 2) и здоровыми новорожденными. В группе детей с пневмонией по сравнению со здоровыми новорожденные статистически значимо были повышены сывороточные уровни С5:1, С10:1, С14:2, С14:ОН, С18:2 и снижены концентрации С8:1, С14:1, С16:1. Заключение. Нарушение метаболизма жирных кислот у новорожденных с сепсисом характеризуется повышением ненасыщенных жирных кислот, что, по-видимому, и характеризует метаболический профиль полиорганной дисфункции.