Изменения в процедурах проведения торгов для нужд здравоохранения направлены на совершенствование системы закупок лекарственных препаратов (ЛП) в области способов определения поставщиков, снижения цен контрактов, информационного обеспечения контрактной системы. Особую актуальность имеют исследования эффективности системы закупок ЛП на уровне субъектов РФ с учетом применяемых нормативно-правовых актов. Цель работы: проведение сравнительного анализа по структурным особенностям закупок ЛП в условиях контрактной системы на уровне субъекта РФ – Республики Башкортостан (РБ). Методы исследования: Источником информации об объемах и структуре закупок ЛП медицинскими и фармацевтическими организациями в РБ являлся официальный сайт РФ www.zakupki.gov.ru. В статье приведены результаты определения индексов обновления поставщиков и заказчиков, участвовавших в торгах в 2013 и 2017 г.г.; сравнительного анализа торгов по форме размещения. Рассчитана экономия финансовых средств по результатам заключения контрактов, проведен её сравнительный анализ. Результаты и обсуждение: Сравнительный анализ проводимых торгов в электронной форме в соответствии с федеральными законами (ФЗ) в системе закупок ЛП позволил выявить тенденции в развитии конкуренции среди поставщиков ЛП. Установлены структурные особенности торгов, показана их эффективность. По результатам сравнительного анализа представлены выводы и приведены Siberian Journal of Life Sciences and Agriculture, Том 15, №5, 2023 475 рекомендации, направленные на совершенствование лекарственного обеспечения в РБ. Выявлено, что в Республике Башкортостан имеется высокий уровень потенциала для проведения закупок ЛП в виде открытого аукциона в электронной форме в соответствии с ФЗ-223.