Статья

Профиль экспрессии циркулярных РНК при раке шейки матки и построение регуляторной сети «циркулярные РНК — микроРНК — матричные РНК»

С. А. Беглярзаде, Р. И. Тамразов, Э. Р. Мусаев, Ч. Вонг, С. А. Беглярзаде, Р. И. Тамразов, Э. Р. Мусаев, Ч. Вонг
2024

Введение. Рак шейки матки (РШМ) остается наиболее распространенным раком у женщин во всем мире, и до сих пор для диагностики и прогнозирования РШМ отсутствуют эффективные и специфические биомаркеры. В последние годы большое внимание привлекло изучение потенциала циркулярных РНК (циркРНК) как новых диагностических, прогностических и терапевтических инструментов. В текущем исследовании мы провели углубленное биоинформатическое исследование по изучению регуляторной сети «циркРНК — микроРНК (миРНК)- матричной РНК (мРНК)», чтобы выявить важные молекулярные процессы и биологические пути, предположительно связанные с РШМ. Материалы и методы. В ходе исследования были собраны данные об экспрессии циркРНК (GSE102686), миРНК (GSE30656) и мРНК генов-мишеней (GSE9750), основанные на базе данных «Омнибус экспрессии генов» (англ. Gene Expression Omnibus, или GEO), в образцах плоскоклеточного рака шейки матки и нормального плоского эпителия шейки матки, разделив их на исследуемую и контрольную группы. Для более глубокого понимания функции циркРНК для их генов-мишеней был проведен анализ белок-белкового взаимодействия (PPI), Генной онтологии (GO — Gene Ontology) и анализ Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG). Результаты. В отношении РШМ было выявлено в общей сложности 105 дифференциально экспрессируемых циркулярных РНК (ДЭЦ), 144 дифференциально экспрессируемых микроРНК (ДЭМ) и 539 дифференциально экспрессируемых генов-мишеней (ДЭГ). Одновременно анализ функционального обогащения GO и путей KEGG проводился для ДЭГ. Впоследствии благодаря базам данных по поиску циркРНК, миРНК и мРНК генов-мишеней, а также сетевому анализу PPI и функциональному обогащению мы обнаружили 3 ДЭЦ со значительно более высоким уровнем экспрессии (hsa_circ_0000745, hsa_circ_0084927 и  hsa_circ_0002762), 6 ДЭМ с пониженным уровнем экспрессии (hsa-miR-145, hsa-miR-876-3p, hsa-miR-1229, hsa-miR-182, hsa-miR520h и hsa-miR-1252) и 9 ключевых генов, таких как ANGPT2, COL11A1, MEST, KIF20A, CLN6, FNDC3B, USP18, DLGAP5 и CXCL9, что позволяет предположить их потенциально значительную роль при РШМ. Заключение. Понимание регуляторной сети «циркРНК — миРНК — мРНК» имеет большое значение в понимании онкогенеза РШМ, а также обнаружении новых циркРНК как главных регуляторных молекул в данной сети — это новое направление в диагностике и таргетной терапии РШМ.

С. А. Беглярзаде, Р. И. Тамразов, Э. Р. Мусаев, Ч. Вонг, С. А. Беглярзаде, Р. И. Тамразов, Э. Р. Мусаев, Ч. Вонг Профиль экспрессии циркулярных РНК при раке шейки матки и построение регуляторной сети «циркулярные РНК — микроРНК — матричные РНК». Креативная хирургия и онкология. 2024;:116-126. https://doi.org/10.24060/2076-3093-2024-14-2-116-126
Цитирование

Похожие публикации