Актуальность. Авторами установлено, что на изменение микробиоты и развитие патологии слизистой оболочки влияют классические и опосредованные кислотозависимые заболевания желудочно-кишечного тракта.Цель - изучение особенностей микробиоты полости рта у пациентов с патологией слизистой оболочки на фоне основных и опосредованных кислотозависимых заболеваний желудочно-кишечного тракта.Материалы и методы. В исследование включены 58 пациентов с наличием патологии слизистой оболочки рта на фоне хронического гастрита и дуоденита, хронического вторичного билиарнозависимого панкреатита на фоне гиперацидной секреции желудка. Группу сравнения составили 25 человек с ранее установленными кислотозависимыми заболеваниями ЖКТ и проведенной на момент клинического обследования эрадикацией Helicobacter pylori с отсутствием патологии слизистой оболочки рта.Результаты. Исследование показало, что в пробах ротовой жидкости у лиц с наличием на слизистой оболочке рта афт выявлено смещение рН в кислую сторону в сравнении с группой без патологии слизистой оболочки рта (группа сравнения) (p < 0,001). Соотношение состава исследуемой микробиоты с поверхности афт и из полости рта в основных группах показало увеличение количества Candida spp. в 1,7 и 3,2 раза (p > 0,2), Enterobacteriaceae spp. в 1,7 и 2,6 раза, (p > 0,2), Actinobacillus spp. в 1,4 и 2,0 раза (p > 0,2), Staphylococcus spp. в 1,3 и 1,5 раза (p > 0,2), Enterococcus spp. 2,6 и 3,5 раза (p > 0,2), и снижение Neisseria spp. в 1,9 и 3,1 раза (p > 0,2). В основной группе II (группа ХБВП на фоне ГСЖ) в изучаемой микробиоте наблюдается их достоверное увеличение изучаемой микробиоты p < 0,05 и достоверное снижение Neisseria spp. при p < 0,05.Заключение. В составе исследуемой микробиоты с поверхности афтозных элементов, полученной у лиц с хроническим билиарозависимым панкреатитом на фоне гиперацидной секреции желудка, выявлено значительное превалирование ряда представителей грамположительных и грамотрицательных факультативноанаэробных и условно-патогенных микроорганизмов, способствующих утяжелению клинических особенностей патологии слизистой оболочки рта.