Сочетанная циркуляция хантавирусов Пуумала, Тула, Сивис на территории республики Башкортостан

Ivanova, O.V.; Garifullin, B.R.; Popov, N.V.; Мочалкин, П. А.; Акимкин, В. Г.; Углева, С. В.; Морозкин, Е. С.; Блинова, Е. А.; Сычева, К. А.; Скрипниченко, Д. Д.; Бондаренко, Т. А.; Эпик, Ю. О.; Макенов, М. Т.; Казак, А. А.; Попова, А. К.; Скотарева, М. А.; Иванова, О. В.; Гарифуллин, Б. Р.; Попов, Н. В.; Mochalkin, P.A.; Akimkin, V.G.; Ugleva, S.V.; Morozkin, E.S.; Blinova, E.A.; Sycheva, K.A.; Skripnichenko, D.D.; Bondarenko, T.A.; Epik, Yu.O.; Makenov, M.T.; Kazak, A.A.; Popova, A.K.; Skotareva, M.A.

Сочетанная циркуляция хантавирусов Пуумала, Тула, Сивис на территории республики Башкортостан

Мочалкин, П. А., Акимкин, В. Г., Углева, С. В., Морозкин, Е. С., Блинова, Е. А., Сычева, К. А., Скрипниченко, Д. Д., Бондаренко, Т. А., Эпик, Ю. О., Макенов, М. Т., Казак, А. А., Попова, А. К., Скотарева, М. А., Иванова, О. В., Гарифуллин, Б. Р., Попов, Н. В.

Дата публикации: 2024

DOI: 10.21055/0370-1069-2024-2-140-147

Аннотация:

Цель работы – изучение видового разнообразия патогенных и непатогенных хантавирусов, циркулирующих в популяциях мелких млекопитающих на территории Республики Башкортостан, с помощью молекулярно-генетических методов. Материалы и методы. Индивидуальные пробы мелких млекопитающих протестированы с помощью вложенной ПЦР с использованием родоспецифичных праймеров, амплифицирующих участок L-сегмента хантавирусов. Полученные продукты ПЦР секвенированы методом Сэнгера с внутренних праймеров вложенной ПЦР. Для образцов, содержащих вирус Пуумала, секвенированы фрагменты S-, М- и L-сегментов вирусного генома методом Сэнгера. Построение филогенетических деревьев выполнялось с помощью программы MEGА X. Результаты и обсуждение. Из 300 исследованных проб мелких млекопитающих, добытых в 2023 г. на территории Республики Башкортостан, обнаружены 14 проб, содержащих РНК хантавирусов Сивис (8), Тула (3), Пуумала (3). Циркуляция непатогенного хантавируса Сивис и условно-патогенного хантавируса Тула на территории Республики Башкортостан установлена впервые. Циркуляция хантавируса Сивис установлена в популяциях обыкновенной бурозубки (Sorex araneus) и малой бурозубки (S. minutus), хантавируса Тула – в популяциях полевки обыкновенной (Microtus arvalis). В результате филогенетического анализа обосновано реассортационное происхождение одного из генетических вариантов хантавируса Пуумала на территории Республики Башкортостан. Обсуждены предпосылки к формированию сочетанных природных очагов хантавирусов Пуумала, Сивис, Тула на территории республики.

ключевые слова:
геморрагическая лихорадка с почечным синдромом, хантавирусы Пуумала, Сивис, Тула, сочетанная циркуляция, заболеваемость

Издатель: Russian Research Anti-Plague Institute

Тип: Article

Combined Circulation of Puumala, tula, seewis Hantaviruses in the territory of the Republic of Bashkortostan

Ivanova, O.V., Garifullin, B.R., Popov, N.V., Mochalkin, P.A., Akimkin, V.G., Ugleva, S.V., Morozkin, E.S., Blinova, E.A., Sycheva, K.A., Skripnichenko, D.D., Bondarenko, T.A., Epik, Yu.O., Makenov, M.T., Kazak, A.A., Popova, A.K., Skotareva, M.A.

Publication date: 2024

DOI: 10.21055/0370-1069-2024-2-140-147

Abstract:

The aim of the work was to study the species diversity of pathogenic and non-pathogenic hantaviruses circulating in populations of small mammals in the Republic of Bashkortostan using molecular-genetic methods. Materials and methods. Individual samples from small mammals were tested by the nested PCR using genus-specific primers that amplify the L segment of hantaviruses. The resulting PCR products were sequenced by the Sanger’s method from internal nested PCR primers. For samples containing Puumala virus, fragments of the S, M, and L segments of the viral genome were sequenced using Sanger’s method. The construction of phylogenetic trees was carried out using the MEGA X software. Results and discussion. Out of 300 examined samples of small mammals collected on the territory of the Republic of Bashkortostan in 2023, 14 samples have been found positive for the presence of hantavirus RNA: Seewis (8), Tula (3), Puumala (3). The circulation of the non-pathogenic hantavirus Seewis and the opportunistic hantavirus Tula has been established for the first time in the Republic of Bashkortostan. The circulation of the Seewis hantavirus has been confirmed in populations of the common shrew (Sorex araneus) and the pygmy shrew (S. minutus); the Tula hantavirus – in populations of the common vole (Microtus arvalis). Results of phylogenetic analysis substantiate the reassortment origin of one of the genetic variants of the Puumala hantavirus on the territory of the Republic of Bashkortostan. The prerequisites for the formation of combined natural foci of hantaviruses Puumala, Seewis, and Tula on the territory of the Republic of Bashkortostan are discussed. © 2024 Russian Research Anti-Plague Institute. All rights reserved.

Keywords:
Scopus, combined circulation, hemorrhagic fever with renal syndrome, morbidity, Puumala, Seewis, Tula hantaviruses

Издатель: Russian Research Anti-Plague Institute

Тип: Article

Сочетанная циркуляция хантавирусов Пуумала, Тула, Сивис на территории республики Башкортостан

Combined Circulation of Puumala, tula, seewis Hantaviruses in the territory of the Republic of Bashkortostan

Фасеты

Оппонент

Научный руководитель

Авторы

Ключевые слова

Год