СОВРЕМЕННЫЕ ПОДХОДЫ К ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ЖИВЫХ И МЕРТВЫХ БАКТЕРИЙ С ПОМОЩЬЮ ИЗБИРАТЕЛЬНОЙ АМПЛИФИКАЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ

БАЙМИЕВ, АН. Х.; БАЙМИЕВ, АЛ. Х.; КУЛУЕВ, Б.Р.; ШВЕЦ, К.Ю.; ЯМИДАНОВ, Р.С.; МАТНИЯЗОВ, Р.Т.; ЧЕМЕРИС, Д.А.; ЗУБОВ, В.В.; АЛЕКСЕЕВ, Я.И.; МАВЗЮТОВ, А.Р.; ИВАНЕНКОВ, Я.А.; ЧЕМЕРИС, А.В.; Baymiev, An. Kh.; Baymiev, Al. Kh.; Kuluev, B.R.; Shvets, K. Yu.; Yamidanov, R.S.; Matniyazov, R.T.; Chemeris, D.A.; Zubov, V.V.; Alekseev, Ya.; Mavzyutov, A.R.; Ivanenkov, Ya. A.; Chemeris, A.V.

СОВРЕМЕННЫЕ ПОДХОДЫ К ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ЖИВЫХ И МЕРТВЫХ БАКТЕРИЙ С ПОМОЩЬЮ ИЗБИРАТЕЛЬНОЙ АМПЛИФИКАЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ

БАЙМИЕВ, АН. Х., БАЙМИЕВ, АЛ. Х., КУЛУЕВ, Б.Р., ШВЕЦ, К.Ю., ЯМИДАНОВ, Р.С., МАТНИЯЗОВ, Р.Т., ЧЕМЕРИС, Д.А., ЗУБОВ, В.В., АЛЕКСЕЕВ, Я.И., МАВЗЮТОВ, А.Р., ИВАНЕНКОВ, Я.А., ЧЕМЕРИС, А.В.

Дата публикации: 2020

Аннотация:

Специфическая амплификация нуклеиновых кислот является удобной и быстрой альтернативой культуральному методу выявления бактериальных клеток. Однако обычная ПЦР и прочие реакции амплификации не в состоянии дифференцировать живые бактерии от мертвых или покоящихся их форм, поскольку способны амплифицировать ДНК, сохраняющуюся довольно длительное время и в бесклеточном состоянии. Для установления жизнеспособности микроорганизмов с помощью амплификации специфичных последовательностей нуклеиновых кислот разработано несколько методов, как регулируемых сменой температур, так и протекающих изотермически. Для части из них мишенью служит модифицированная фенантридиновыми красителями ДНК, причем показано, что предпочтительным является одновременное использование моноазидов этидия и пропидия. Для других методов мишенями выступают непосредственно молекулы РНК или их кДНК копии. Весьма перспективной представляется детекция пре-рРНК, ввиду присутствия этих типов РНК исключительно в живых клетках.

ключевые слова:
ЖИЗНЕСПОСОБНОСТЬ МИКРООРГАНИЗМОВ, ЖИВЫЕ И МЕРТВЫЕ БАКТЕРИИ, ПЦР, ОТ-ПЦР, ЭТИДИЙ МОНОАЗИД, ПРОПИДИЙ МОНОАЗИД, ПРЕ-РРНК, PCR, OT-PCR, ВАК

Издатель: Федеральный исследовательский центр "Фундаментальные основы биотехнологии" РАН, Российская академия наук, Российская академия наук, Российская академия наук (Москва)

Тип: Article

MODERN APPROACHES TO DIFFERENTIATION BETWEEN LIVING AND DEAD BACTERIA BY SELECTIVE AMPLIFICATION OF NUCLEIC ACIDS

Baymiev, An. Kh., Baymiev, Al. Kh., Kuluev, B.R., Shvets, K. Yu., Yamidanov, R.S., Matniyazov, R.T., Chemeris, D.A., Zubov, V.V., Alekseev, Ya., Mavzyutov, A.R., Ivanenkov, Ya. A., Chemeris, A.V.

Publication date: 2020

Abstract:

Specific amplification of nucleic acids is a convenient and quick alternative to the culture-based method of detecting bacterial cells. However, conventional PCR and other amplification reactions can not differentiate between live bacteria and dead or dormant ones, and are also capable of amplifying DNA that persists for a long time and in a cell-free state. Several methods have been developed in order to establish the viability of microorganisms by amplification of specific sequences of nucleic acids, both those controlled by changing temperatures and isothermal ones. For some of them, DNA modified by phenanthridine dyes serves as a target, and simultaneous use of monoazides of ethidium and propidium was shown to be preferable for the purpose. For other methods, the targets are directly RNA molecules or their cDNA copies. Pre-rRNA detection seems to be the most preferable approach, due to the presence of these types of RNA exclusively in living cells.

Keywords:
NASBA (NUCLEIC ACID SEQUENCE BASED AMPLIFICATION), MOLECULAR VIABILITY TESTING (MVT), ETHIDIUM MONOAZIDE (EMA), PROPIDIUM MONOAZIDE (PMA), MICROBIAL VIABILITY, LIVE AND DEAD BACTERIA, PRE-RRNA

Тип: Article

СОВРЕМЕННЫЕ ПОДХОДЫ К ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ЖИВЫХ И МЕРТВЫХ БАКТЕРИЙ С ПОМОЩЬЮ ИЗБИРАТЕЛЬНОЙ АМПЛИФИКАЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ

MODERN APPROACHES TO DIFFERENTIATION BETWEEN LIVING AND DEAD BACTERIA BY SELECTIVE AMPLIFICATION OF NUCLEIC ACIDS

Фасеты

Оппонент

Научный руководитель

Авторы

Ключевые слова

Год